Program Studi Aqidah dan Filsafat Islam adalah salah satu program studi paling awal di IAIN Surakarta. Program Studi ini mempunyai izin penyelenggaraan sesak tahin 1999 melalui Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Nomor 4218 Tahun 1999 tentang Penyelenggaraan Jurusan dan Program Studi pada Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Surakarta.
Semenjak Salih status dari STAIN ke IAIN, Program Studi Aqidah dan Filsafat Islam berada di bawah Fakultas Ushuluddin dan Dakwah. Program Studi ini terus berupaya untuk meningkatkan kualitas pengelolaannya demi kemajuan bangsa. Saat ini, Program Studi Aqidah dan Filsafat Islam IAIN Surakarta telah terakreditasi A Oleh BAN-PT sejak 2017 lalu dan merupakan program studi pertama di IAIN Surakarta yang memperoleh prestasi itu.